أُنشئ أول جهاز إداري لوزارة المالية في عام 1941م بمسمى إدارة الشؤون المالية يديرها جلالة السلطان شخصياً حتى عام 1971م. وظلت إدارة الشؤون المالية بنفس المسمى عند تأسيس الجهاز الإداري للدولة عام 1970م، وتكونت بداية من ثلاث دوائر: دائرة الخزانة المركزية، ودائرة تدقيق الحسابات، ودائرة الحسابات المركزية التي أُضيف إليها الجمارك والتخطيط المالي فيما بعد.

حدد قانون تنظيم الجهاز الإداري للدولة الصادر بالمرسوم السلطاني رقم 26/1975م، اختصاصات وزارة المالية وهيكلها التنظيمي الذي ضم أربع دوائر: دائرة الشؤون الإدارية، دائرة الخزينة، دائرة الدخل والاستثمارات، ودائرة الموازنة والحسابات النهائية. وفي عام 1980م صدر المرسوم السلطاني رقم 1/1980م والذي قضى بإنشاء الصندوق الاحتياطي العام للدولة وبأن تكون المديرية العامة للمالية هي الجهاز التنفيذي للصندوق. وفي ذات العام صدر المرسوم السلطاني رقم 40/1980م الذي قضى بإعادة تنظيم المديرية العامة للمالية، حيث رُفعت مستوى بعض الدوائر التابعة لها إلى إدارة عامة إلى جانب إنشاء مكتب للمالية في صلالة.

ظلت مهام المالية تمارس من خلال المديرية العامة للمالية حتى صدور المرسوم السلطاني رقم 87/1982م الذي قضى بتحديد اختصاصات نائب رئيس الوزراء للشؤون المالية والاقتصادية. وقد استمر العمل بهذا التنظيم حتى صدور المرسوم السلطاني رقم 27/1984م الذي قضى باعتماد الهيكل التنظيمي لمكتب نائب رئيس الوزراء للشؤون المالية والاقتصادية، حيث ضم المكتب جهازين أحدهما للمالية ويضم اللجنة التنفيذية للصندوق الاحتياطي والآخر للاقتصاد.

في عام 1985م صدر المرسوم السلطاني رقم 64/1985م الذي قضى بإجراء تعديل في الهيكل التنظيمي لمكتب نائب رئيس الوزراء للشؤون المالية والاقتصادية وبذلك أُستحدثت وزارة المالية والاقتصاد، حيث برز كل من نشاطي المالية والاقتصاد في التقسيمات التنظيمية للمكتب: وكلاء الوزارة، المديريات العامة، الصندوق الاحتياطي العام للدولة. وفي عام ١‎٩‎٩‎١‎م صدر المرسوم السلطاني رقم 4/1991م الذي قضى بتعيين أمين عام للضرائب‎، لتصبح الأمانة العامة للضرائب أحد التقسيمات التنظيمية لوزارة المالية والاقتصاد. وفي وقتٍ لاحق حُدِّدت اختصاصات وزارة المالية والاقتصاد بموجب المرسوم السلطاني رقم 47/1994م.

في عام 1995م صدر المرسوم السلطاني رقم 69/1995م الذي قضى بإجراء تعديل في التشكيل الوزاري، حيث فُصل النشاط المالي عن الاقتصادي وأُستحدث وزارة مستقلة لكل منهما، وبذلك عُدِّل مسمى وزارة المالية والاقتصاد إلى وزارة المالية. وفي عام 1996م صدر المرسوم السلطاني رقم 39/1996م الذي قضى بتحديد اختصاصات وزارة المالية واعتماد هيكلها التنظيمي، ثم عُدّل الهيكل التنظيمي لوزارة المالية وبعض المسميات بموجب المرسوم السلطاني رقم 41/2008م حيث قُسمت المديرية العامة للدخل والاستثمارات إلى مديريتين تحت مسمى المديرية العامة للدخل والمديرية العامة للاستثمار.

في عام 2019م صدر المرسوم السلطاني رقم 66/2019م الذي قضى بإنشاء جهاز الضرائب يتبع مجلس الوزراء. إلا أن المادة الأولى من المرسوم السلطاني رقم 103/2020م الصادر في عام 2020م قضت بتعديل بعض أحكام المرسومين السلطانيين المتعلقين بإنشاء جهاز الضرائب واعتماد هيكله التنظيمي، حيث استبدلت عبارة “ويتبع مجلس الوزراء” الواردة في المادة الأولى من المرسوم السلطاني رقم 66/2019م بعبارة “ويتبع وزير المالية”.

وبعدها صدر المرسوم السلطاني رقم 61/2020م بإنشاء جهاز الاستثمار العماني، وقد حدد هذا المرسوم تبعية الجهاز لمجلس الوزراء، واستبدلت عبارتي (الصندوق الاحتياطي العام للدولة) (والصندوق العماني للاستثمار) أينما وردتا في القوانين والمراسيم السلطانية، بعبارة (جهاز الاستثمار العماني).